宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起...

杀手骷髅13被雇佣杀死石油大王之子，任务顺利完成。没想到行动过后却引发了另一场腥风血雨，世界各地的杀手们被一个神秘人物操纵，开始向骷髅13发起了进攻。他身边的好友依次被暗杀，与世界为敌的骷髅是否能赢这...